Istorija službe seže od 1958. godine kada je uvedena dijagnostika tuberkuloze, a 1965. urađena je prva dijagnostika trbušnog tifusa. Dvije godine kasnije u službi se radi dijagnostika sifilisa, kao i reumatske bolesti. Od 1971. godine počinje sa radom opšta i sanitarna bakteriologija, parazitologija.
Služba je 1972. godine dobila specijalistu mikrobiologije dr Irenu Knežević-Kovaljko, a 1974. godine službom rukovodi dr Hasena Vreto-Kurtović. Proširuje se rad u opštoj bakteriologiji, serologiji, parazitologiji, a uvode se i metode sterilnosti hirurškog materijala i higijenske ispravnosti.
1999. godine od strane japanske vlade donirani su novi autoklav, inkubator, sterilizator, frižider, vodeno kupatilo, a službom u to vrijeme rukovodi dr Rada Mrgud, nakon čega 1994. godine služba postaje nastavna baza Medicinskog fakulteta.
Od 2008. godine služba je pojačana sa još jednim specijalistom mikrobiologije dr Ružicom Lukić koja 2015. godine postaje subspecijalista virusolog i novi rukovodilac službe, danas već i profesor na Medicinskom fakultetu u Foči.
Od 2009. godine služba je uključena u projekat koji sprovodi UNDP pod nazivom "Jačanje DOTS strategije i unapređenje nacionalnog programa za tuberkulozu, uključujući multirezistentnu tuberkulozu i kontrolu infekcije u Bosni i Hercegovini" - od tada laboratorija u potpunosti radi u skladu sa najnovijim preporukama i zahtjevima SZO.
Od 2012. godine služba dobija potpuno nove dimenzije proširivanjem i kompletnim renoviranjem laboratorijskog prostora kako infrastrukturno, tako i opremanjem sa najsavremenijom opremom i aparatima za brzu izolaciju, identifikaciju mikroorganizama kao i automatizovanu izradu antibiograma, ali i aparate za savremenu serološku dijagnostiku. Sa ovom opremom proširuju se dijagnostičke metode iz svih oblasti mikrobiologije, a započinje sa radom i virusološka dijagnostika, nakon čega služba postaje jedna od savremenijih laboratorija u Republici Srpskoj.
U okviru medicinske mikrobiologije 2016. godine opremljena je i počela sa radom laboratorija za molekularnu dijagnostiku (PCR aparatura) u oblasti bakteriologije i virusologije, a proširuje se paleta virusoloških i seroloških analiza također na novim i savremenim aparatima (ELISA i hemiluminescencija) najnovije generacije. U 2017. godini u projektu Vlade RS laboratorija je opremljena sa Real-time PCR, Western blot potvrdnim serološkim testovima. Sa navedenom opremom služba za mikrobiološku dijagnostiku je dobila sasvim nove dimenzije i obezbijedila kompletne uslove za pružanje usluga sa najvećim standardom. 2020. godine u službi počinje sa radom dr Slava Bodiroga kao novi specijalista mikrobiolog.
U oblasti molekularne dijagnostike 2025. godine počinje sa radom testiranje genskih mutacija na tumore, a u planu za 2026. godinu je molekularno testiranje genskih predispozicija na trombofilije, analiziranje plodove vode i horionskih čupica.



